1990. 9. 제75회 총회에서 농촌선교문제연구소 조직을 결의하다. (경안노회 헌의)
1991. 5.20. 제76-3차 농어촌부 실행위원회에서 총회농어촌선교연구소 추친위원회를 구성하다.
1991. 9.27. 제76회 총회에서 농촌선교문제연구소를 ‘농어촌선교문제연구소’로 개칭 허락받다.
1991.11.25. 농어촌선교문제연구소 창립이사회를 가지다.
제1대 이사장 최병칠 목사, 임시소장 박노원 목사(겸임), 간사 김재일 전도사
1993.10.12. 제2대 이사장 지원재 목사 취임하다.
1998. 9. <21세기 교회와 농민> 200부 발간하다.
2000.11.13. 안영로 목사를 제3대 이사장으로 선출하다.(제85-1차 이사회)
2003. 8.18. <농어촌선교 모범사례집 제1집>을 발간하다.
2003. 9.22. 제88회 총회에서 농어촌부, 군선교부, 전도부가 국내선교부로 통합됨에 따라 국내선교부 산하기관으로 이관하다.
2004.11. 9. 소장에 장현운 목사를 선임하다.(제89-1차 이사회)
2007. 7.24. 소장에 남상도 목사를 선임하다.(제91-1차 이사회)
총회 농촌선교센터 건축을 결의하다.
메콩6개국 에큐메니칼 사회발전 특별프로그램(MEPP)에 6,000불 지원하다.
2008. 3.20. 제92-1차 이사회에서 채영남 목사를 제4대 이사장으로 선출하다.
MEPP 사업에 500만원 지원하다.
2008.11.17. MEPP 사업에 5,000불 지원하다.
2009. 9.22. 제94회 총회에서 군농어촌선교부가 분리되면서 군농어촌선교부 산하기관으로 이관하다.
2010. 2.24. 제94-1차 이사회 결의로 총회 농촌선교센터 건축지원금으로 3차례에 걸쳐 1억6천만원을 지원하다.
MEPP 사업에 5,000불 지원하다.
라오스 중고생 기숙사 건립에 3만불 지원하다.
2010.10.21. 제95-3차 총회 군농어촌선교부 임원회에서 총회농어촌선교연구소를 총회군농어촌선교부 사무실에서 총회 농촌선교센터로 이전하기로 결의하다.
2010.11.16. 총회농촌선교센터에서 농어촌선교연구소 이전 현판식을 가지다. 참석자(이사장 채영남 목사, 95회기 군농어촌선교부장 임은빈 목사 외 실행위원, 관계자 등 20여명)
2011. 6.30. <농어촌선교 모범사례집 제2집>을 발간하다.
2013. 4.10. <농어촌선교 모범사례집 제2집 2쇄>을 발간하다.
2014. 9.23. 제99회 총회에서 농어촌선교부가 분리되면서 농어촌선교부 산하기관으로 이관하다.
농어촌선교부 
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