1. 북한선교연구소는 운영을 위하여 이사회를 둔다.
  1) 이사장 1인
  2) 서기 1인
  3) 회계 1인
  4) 감사 1인
2. 북한선교연구소는 연구와 관련된 활동을 위하여 다음의 직원을 둔다.
  1) 소장 1인
  2) 직원 약간 명
  3) 연구위원 약간 명
  4) 객원 연구위원 약간 명

1. 이사회의 구성은 총회 남북한선교통일위원회 파송 이사 3인, 단체이사 4인, 추대이사 8인 등 합계 15명 이내로 둔다.
2. 임기는 2년으로 하며 결원이 생긴 경우는 보선하며 임기는 전임자의 잔여 임기로 한다.

1. 본 연구소의 재정지원을 위한 후원이사 약간 명을 둔다.
2. 후원이사는 이사장의 추천으로 이사회에서 선임한다. 후원이사의 임기는 2년으로 하고 연임할 수 있다.
3. 후원이사의 운영내규는 별도로 정한다.

1. 이사회의 직무
  이사장 : 본 연구소를 대표하여 본 회 회무를 총괄한다.
  서기 : 이사회 기록에 관한 업무를 관장한다.
  회계 : 본 회 재정에 관한 업무를 관장한다.
  감사 : 사업 및 재정업무를 감사한다.
2. 직원의 직무
  소장 : 본 연구소의 사업 및 연구를 총괄한다.
  직원 : 소장의 지시를 받아 본 연구소 사업 관련 업무를 담당한다.
  연구위원 : 소장의 지시를 받아 본 연구소의 사업 및 연구를 담당한다.