본 위원회는 총회 임원회에서 공천하는 9인으로 특별 구성하고, 임기는 1년으로 하며 연임할 수 있다.

본 위원회의 임원은 위원장 1인, 서기 1인, 회계 1인으로 하고, 위원회에서 선임하며 임기는 1년으로 재공천 시 연임할 수 있다.

본 위원회의 임무는 다음과 같다.
1. 연구임무：총회로부터 수임을 받거나 총회장이 이첩한 산하 노회로부터 질의 받은 사항 또는 본 위원회가 판단하는 단군상 문제와 그 대책을 연구한다.
2. 교육임무：연구된 문제의식과 대책사항을 교역자와 평신도 대상으로 교육한다.
3. 대책임무：법률적 대책과 철거 대책을 강력하게 또 슬기롭게 세워 진행한다.
4. 연대임무：본회의 효율적인 활동과 목적을 위해 총회 내외 기관과 연대한다.
5. 운영임무：본회를 활성화하고자 총회 단군상문제대책연구소를 운영한다.
6. 기타임무：위 각 항에 관련된 일체의 임무

전문위원은 총회 임원회에서 공천하는 2인으로 구성하고, 임기는 1년으로하며 연임할 수 있다.

본 위원회의 회의는 필요에 따라 임원회 및 실행위원회별로 위원장이 소집하며, 모든 회의 시 실무 진행을 위하여 단군상문제대책연구소장은 당연직 위원으로 참석한다.