목사고시에는 헌법이 정하는 바에 따라 다음에 해당하는 자에게 응시자격을 준다. 단, 아래 1항, 2항에 해당하는 자는 총회가 인정하는 정원에 포함되고 신대원통합수련회에 참석한 자라야 한다.
1. 직영신학대학교 신학대학원 신학과 또는 목회연구과 졸업자
2. 직영신학대학교 목회교육원 졸업자
3. 직영신학대학교 청목과정 수료자
4. 본 교단 직영신학대학 및 일반대학 기독교 관련 학과에서 본 교단장 추천을 받고 군종사관후보생 시험에 합격한 자는 학부 4학년에 재학중이거나 또는 신학대학원에 재학 중에도 응시할 수 있다.
5. 단, 동성애자 및 동성애를 지지하고 옹호하는 자는 응시할 수 없다.

합격과목의 유효기간은 응시 첫해 년도를 포함하여 5년까지이며, 이후 전 과목은 무효처리 된다. 단, 응시자의 현역 복무기간과 국가재난 및 중대질병, 임신출산(전후 2년)으로 응시하지 못한 경우에는 유효기간에 포함하지 않는다.

면접은 기 합격 여부에 관계없이 재응시 때마다 응시해야 한다.

응시자는 다음의 서류를 갖추어 제출해야 한다.
1. 온라인접수확인서(단, 온라인접수가 불가한 외국인 등의 경우 고시청원서, 이력서, 소명 소견 및 신앙고백서 / 본 위원회 제정 양식)
2. 당회장 추천서(본 위원회 제정 양식)
3. 노회장 추천서(본 위원회 제정 양식)
4. 직영신학대학교 신학대학원 졸업증명서 또는 목사고시 결과(성적) 통지서
5. 기본증명서, 가족관계증명서, 혼인관계증명서(미혼자 포함)  각 1매(접수일로 3개월 이내 발행본).
6. 범죄경력회보서
7. 정신감정서
8. 국적 확인서(외국인의 경우)
9. 기타 서류(본 위원회 제정 양식)
10. 고시료 입금확인증(온라인접수 불가자의 경우)
11. 목사고시 응시자는 성경의 가르침에 명백하게 위배되는 동성애, 동성결혼, 제 3의 성(생물학적 성별이 아닌 사회학적 성별), 젠더주의에 대한 반대 입장을 서면으로 의무 제출하도록 한다

서기는 응시자가 본인인지 여부를 확인할 수 있는 조치를 취해야 한다.

응시절차에 허위사실 또는 서류미비가 발견되면 응시자격을 상실하며 합격한 후에라도 본 위원회의 결의에 의해 합격이 취소된다.