본 출판사에는 다음과 같은 3개의 국을, 국 아래에 부를, 부 아래에 과를 두며, 효과적인 업무 수행을 위하여 필요할 경우 소속 부서와 상관없이 별도 팀을 구성하여 운영할 수 있다.
1. 업무국：출판사 행정, 재무에 관한 업무 일체를 담당한다.
2. 기획편집국：도서제작을 위한 기획 편집, 디자인, 저작권계약, 제작권계약, 해외출판업무, 전자책(e-book)제작 등 출판편집업무의 전반을 담당한다.
3. 영업국：도서보급과 판매에 대한 온라인, 오프라인 영업 일체를 담당하며, 유통센터와 매장운영, 전자책(e-book) 유통에 관한 일을 담당한다.

본 출판사는 다음과 같은 직원을 두어 업무를 담당하게 한다. 그 외 직원의 정년 등은 대한예수교장로회 총회(이하 ‘총회’)의 직원 직제 및 근무 규정에 준한다.
1. 사장：사장은 정관에 따라 선출하며 출판업무의 제반행정과 운영에 대한 총책임을 진다. 2. 국장：사장의 지시에 따라 해당 국의 업무를 관장한다.
3. 부국장：국장의 업무를 보좌한다.
4. 부장：국장의 지시에 따라 해당 부의 업무를 관장한다.
5. 차장：부장의 업무를 보좌한다.
6. 과장 : 부장의 지시에 따라 해당 과의 업무를 담당한다.
7. 대리(팀장) : 과장의 업무를 보좌한다.
8. 일반직원：과장의 지시에 따라 해당 업무를 수행한다.
9. 임시직원 : 출판사 업무 수행에 필요할 경우 사장은 임시직원(계약직원 포함)을 1년 이내 한시적으로 채용하여 그 업무를 수행하게 할 수 있다.

1. 직원(임시직원)의 상벌 및 임면에 관한 사항은 시행세칙으로 정한다.
2. 출판사 직원의 직급에 따른 승급규정은 총회 직원 직제 및 근무 규정에 준한다.

1. 인사위원회는 이사들로 구성하되 이사장이 임명하며, 이사장과 사장을 포함하여 5인 이내로 구성함을 원칙으로 한다. 단, 사장 선임을 위한 인사위원회 구성은 이사회 결의로 별도로 구성한다.
2. 인사위원회는 사장의 요청에 의해 위원장이 소집하고 직원에 관한 임용, 복직, 승진, 징계, 포상 등에 관한 사항을 심의한다.
3. 직원에 대한 인사는 인사위원회의 심의를 거쳐 이사회의 결의로 이사장이 시행한다. 단, 일반직원(임시직원)은 사장이 임면하고 이사회에 보고한다.
4. 필요할 경우 출판사는 이사회 결의로 위원회를 구성하여 운영할 수 있으며, 위원회 구성 및 위원 임명은 제1항을 준용한다.