본부선교사가 총회가 정한 제 법규를 위반하거나 총회에 손해를 끼치거나 명예를 실추시키거나 근무태도가 불량하여 징계의 필요성이 인정될 때 총회세계선교부 실행위원회의 결의를 거쳐 징계한다. 징계에 관한 자세한 사항은 ‘총회 직원 포상과 징계세칙’ 을 따른다.