연구소의 연구와 발전을 위해 다음과 같은 위원회를 둔다.

 1. 북한선교 연구위원회

 2. 북한이탈주민선교 연구위원회

 3. 통일교욱 연구위원회

각 위원회 해당 위원은 이사회에서 선출하며 위원 수는 약간 명으로 한다.

각 위원회의 임무는 다음과 같다.

 1. 북한선교 연구위원회 : 북한지역의 선교에 대한 연구를 담당한다.

 2. 북한이탈주민선교 연구위원회 : 국내외의 북한이탈주민선교에 대한 연구를 담당한다.

 3. 통일교육 연구위원회 : 통일교육 관련 연구를 담당한다.