본회를 운영하기 위한 제2조에 해당하는 제반업무를 담당하며 다음의 사무국장 및 사무직원을 둔다.
1. 사무국장 1인(사무국장은 총회국내와군특수선교처 총무로 한다.)
2. 사무직원 약간 명

운영이사회는 20명 내외로 구성하며 본회의 운영과 후원에 관한 일을 담당한다.

본회의 업무를 위하여 약간 명의 연구위원을 둘 수 있다.

1. 본회의 임원은 총회 소속 목사 · 장로로서 본회의 목적에 찬성하는 자로 한다.
2. 본회의 임원은 규정준수와 회비납부의 의무를 가진다.

본회의 임원 선출 및 유고 시 보선은 이사회에서 한다.

본회 임원의 임기는 3년으로 하되 연임할 수 있으며, 보선된 임원의 임기는 전임자의 잔여 임기로 한다.

본회 임원의 임무는 아래와 같다.
  1. 이사장 : 본회를 대표하며 이사회를 소집하고 후원 및 업무를 총괄하며 회의의 의장이 된다.
  2. 서기이사 : 본회의 회의기록 및 문서에 관한 업무를 관장한다.
  3. 회계이사 : 본회의 재정을 관장한다.
  4. 실행이사 : 본회의 사업에 관해 협의하며, 운영에 필요한 후원을 한다.
  5. 감사 : 본회의 사업을 감사하며, 임원회의에 언권회원으로 참석할 수 있다.