본 군경교정선교부는 전조의 목적을 수행하기 위하여 다음의 업무를 담당한다.
1. 총회 군ㆍ경찰ㆍ교정ㆍ소방선교 사업 정책 개발
2. 총회 군ㆍ경찰ㆍ교정ㆍ소방선교사업 방안 수립, 시행
3. 총회 군ㆍ경찰ㆍ교정ㆍ소방선교 지원사업
4. 총회 산하 각 노회와 교회의 군ㆍ경찰ㆍ교정ㆍ소방선교 사업 장려와 지원
5. 총회 군경교정선교부 산하 군종목사단, 군선교교역자회, 군종사관후보생회, 경목협의회, 교정선교협의회 및 군선교후원회, 경찰선교후원회, 교정선교후원회 지도, 관리
6. 총회 군경교정선교부 대외협력업무(국방부, 한국기독교군선교연합회, 법무부, 경찰청 등)