본 농어촌선교부는 전조의 목적을 수행하기 위하여 다음의 업무를 담당한다.
1) 총회 농어촌선교 사업 정책 개발
2) 총회 농어촌선교사업 방안 수립, 시행
3) 총회 농어촌선교 지원사업
4) 총회 산하 각 노회와 교회의 농어촌선교 사업 장려와 지원
5) 총회 농어촌선교부 산하 각 기관 및 후원회 지도, 관리
6) 총회 농어촌선교부 대외협력업무