본회는 회장 1명, 수석부회장 1명, 부회장 약간 명, 서기 1명, 부서기 1명, 회 계 1명, 부회계 1명, 감사 2명을 둔다.

실행위원은 15명으로 한다.

지도위원은 회장과 협력하여 후원회를 지도한다.

1. 회장은 본회를 대표하며 본회의 업무를 총괄하고 회의의 의장이 된다.
2. 수석부회장은 회장을 보좌하며 유고시 그 직무를 대행한다.
3. 부회장은 임원을 도와 본회 사업을 지원한다.
4. 실행위원은 재정후원과 사업운영에 관한 일을 한다.
5. 서기는 본회의 의결사항을 기록한다.
6. 회계는 본회의 재정을 관장한다.
7. 총무는 본회의 의결사항을 집행하며 농어촌선교와 관련된 대내외 업무를 수행한다.

임원의 임기는 3년으로 하되 연임할 수 있으며, 보선에 의해 취임하는 임기는 전임자의 잔임 기간으로 한다.

당연직은 부회장직임이 유지되며, 총회상임부서장, 남선교회전국연합회 파송 위원 1인, 여전도회전국연합회 파송 위원 1인으로 한다.

1. 본회의 업무를 위하여 총무1인과 부총무 목사 장로 각 1명과 직원 약간 명을 둔다.
2. 총무는 임원회에서 선임한다.