이사회는 대한예수교장로회 총회 농촌선교센터 (충북 충주시 엄정면 족동1길 18-1)에 두고 이사는 이사장을 포함하여 15인 이내로 한다.

1. 총회 농어촌선교부장 (당연직, 1명)
2. 총회 농어촌선교부 총무(당연직, 1명)
3. 구만리교회 당회원 (당연직, 1명);
4. 예장농목 소속 이사 (2명)
5. 농촌선교에 대한 열정을 가지고 적극적으로 협력할 목사와 장로(10명);
6. 이사는 이사회에서 정한 정기 이사회비 및 특별 후원금을 납부할 때 자격이 유지된다.

1. 이사회는 이사장, 부이사장, 서기, 회계를 임원으로 선출할 수 있고, 임기는 2년으로 하고, 연임할 수 있다.
2. 이사장은 이사회를 대표하여 이사회를 총괄하며, 총회 농촌선교센터와 관련한 내용을 총회 농어촌선교부 실행위원회에 보고한다.
3. 부이사장은 이사장을 보좌하고 이사장 유고시 대행한다.
4. 서기는 이사회의 회의록을 작성하고 보존하여야 한다.
5. 회계는 이사회의 재정출납을 담당한다.

1. 총회 농촌선교센터의 효율적 운영을 위해 원장을 둘 수 있다. 원장은 시설 유지 및 관리 그리고 이사회가 의결한 사업을 운영 추진하는 전반적인 역할을 한다.
2. 원장은 이사회에서 추천하고, 총회 농어촌선교부 실행위원회에서 선출하며, 임기는 4년으로 하며 연임할 수 있다. 임기 시작은 총회 농어촌선교부 실행위원회에서 선출된 날로부터 시작된다.
3. 원장은 농촌선교, 생명선교가 효율적으로 이루어지도록 총회 농촌선교센터를 운영하는 역할을 한다.

1. 총회 농촌선교센터의 운영을 위해 총회 농촌선교센터 운영위원회를 구성할 수 있다.
2. 총회 농촌선교센터 운영위원회는 위탁 운영 단체인 예장 농민목회자협의회에서 구성한다.
3. 총회 농어촌선교부 총무를 운영위원회 당연직 위원으로 한다.