본사의 자산은 기본재산과 보통재산으로 구분한다.

기본재산을 취득, 매도, 증여, 교환, 임대 또는 담보에 제공하거나 그밖의 권리의 포기, 의무의 부담 등의 처분을 하고자 하는 때에는 이사회의 결의 3분의 2 결의와 총회 승인이 있어야 한다.

본사의 자산 명의는 재단법인 대한예수교장로회 총회유지재단으로 신탁하되 권리는 본사에 속한다.

본사 운영에 필요한 재정경비는 제반사업의 수익금과 기부금, 헌금, 총회 보조금으로 충당한다.