본 위원회 산하에 연구분과, 조사분과, 상담분과를 두며, 그 조직 및 임무는 다음과 같다.
1. 조 직
   1) 각 분과는 본회 임원회가 배정한 위원으로 구성한다.
   2) 분과의 임원은 분과장 1인, 서기 1인으로 하고, 각 분과에서 선임하며 임기는 1년(총회 회기)으로 하되 연임할 수 있다.
2. 임 무
   1) 연구분과：총회로부터 수임을 받거나 총회장이 이첩한 산하 노회로부터 질의받은 사항 또는 본 위원회가 문제점이 발견되어 연구의 필요성이 있는 것으로 판단하는 개인이나 단체에 대한 이단, 사이비 여부를 연구한다.
   2) 조사분과：본 위원회에서 위임하는 사항에 대하여 조사한다.
   3) 상담분과：총회 이단사이비문제상담소를 운영 관리한다.