이사회는 다음과 같이 회의를 개최한다.

 1. 매년 2월 정기이사회를 가지며, 정책 수립 및 예·결산을 심의·확정한다.

 2. 필요시에 이사장이 임시이사회, 임원회를 소집할 수 있다.

이사장은 매년 총회 남북한선교통일위원회에 본 원의 운영 및 학사 현황 보고를 한다.