본 신학교육부는 제2조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 임무를 수행한다.
1. 총회 신학교육의 발전방안을 수립 및 시행, 정책연구 및 개발
2. 총회산하 7개 신학대학교(장로회신학대학교, 호남신학대학교, 영남신학대학교, 한일장신대학교, 대전신학대학교, 부산장신대학교, 서울장신대학교)의 지도, 감독
3. 총회 기관 및 단체 임원, 대표 파송·인준 조례 제7조 3항에 따른 신학대학교 임원, 대표의 공천
4. 신학대학교의 정관과 시행세칙 등 규정을 제정 및 개폐(정)할 때의 지도, 감독
5. 신학대학교 기본재산의 매도, 증여, 교환 또는 용도를 변경하거나 담보에 제공하고자 할 때의 지도, 감독
6. 총회산하 7개 신학대학원 신입생 통합수련회
7. 총회산하 7개 신학대학교 교수세미나
8. 총회산하 7개 신학대학교의 커리큘럼의 지도, 감독 및 평가
9. 기타 총회가 위임한 사항 및 실행위원회 결의로 총회 또는 총회임원회에 허락받은 사항 또는 실행위원회에서 결의된 사항