본 국내선교부는 전조의 목적을 수행하기 위하여 다음의 업무를 담당한다.
1. 총회의 국내 선교사업과 교회발전방안을 수립 및 시행, 정책연구 및 개발업무
2. 전도와 개척 및 목회지원 업무
3. 영성 및 상담선교 업무
4. 다양한 선교영역(청소년, 직장, 인터넷, 병원, 문화선교 등)에 대한 선교업무
5. 총회산하 각 노회와 교회의 국내선교사업의 장려 지원
6. 국내선교부 산하 각 기관의 지도 및 관리