본 국내선교부는 다음의 위원회를 둔다.
1. 전도분과위원회
2. 개척선교분과위원회
3. 청소년선교분과위원회
4. 직장, 병원의료선교분과위원회
5. 문화(스포츠,레저,연예,미디어, 인터넷 등)선교분과위원회
6. 목회개발분과위원회
7. 상담및영성분과위원회