본회의 업무를 원활히 추진하기 위하여 다음과 같은 분과위원회를 둔다.
1. 선교분과：선교정책을 수립하고 홍보업무를 실행한다.
2. 훈련분과：외국인노동자선교 실무자를 개발하고 훈련을 실행한다.
3. 복지분과：외국인노동자의 복지에 관한 사업을 실행한다.
4. 재정분과：본회의 재정을 위해 모금사업을 실행한다.