재정충당은 미자립교회 지원구조(지원하는 노회, 지원받는 노회, 자립노회)에 의한 노회 간 연계 원칙에 따른다. 또한 노회의 지원 위치가 변경될 경우에는 교회자립위원회가 총회에 보고하는 내용과 연동하여 변경한다.