본 센터의 조직구성은 다음과 같다.
1. 소장 : 센터의 소장은 본 센터를 대표하고, 운영위원회의 의장이 된다. 본 센터의 소장은 대한예수교장로회 장애인복지선교협의회의 장으로 한다.
2. 운영위원 : 장애인복지선교협의회에 속한 각 단체에서 파견한 대표 3인으로 한다. 운 영위원의 그 임기는 1년으로 한다.
3. 상임총무 : 센터의 업무를 총괄한다.
   가. 상임총무의 선발 : 센터의 운영위원회가 선발한다.
   나. 상임총무의 자격 :
       1) 본 교단 소속 목사 2) 장애인 복지선교사업에 대한 이해와 사명감이 투철한 사람
   다. 상임총무의 임기 : 상임총무의 임기는 4년으로 하고 연임할 수 있다.
4. 사무국 및 간사 : 장애인복지선교협의회의 각 기관별로 업무를 분담할 간사 1명씩을 파견하여 사무국을 구성한다.
5. 감사 : 감사 2인을 선임하여 사업을 감사하게하고 연말 정기운영위원회에 보고하게 한다.
6. 자문위원 : 센터의 원활한 운영을 위해서 자문위원을 둘 수 있다.
   가. 자문위원의 위촉 : 자문위원회 위원의 위촉은 운영위원회의 결의로 하다. 단 총회사회봉사부부장, 총무는 당연직으로 한다.
   나. 자문위원회의 역할: 자문위원회는 센터의 운영에 있어서 필요한 제반사항에 대해 조언을 한다.
   다. 자문위원회의 소집: 센터의 소장이 필요하다고 인정하는 때 수시로 소집한다.