연구소의 발전과 사업확장을 위해 다음과 같은 위원회를 둔다.
1. 연구위원회    2. 에큐메니칼농업개발위원회    3. 생명농업위원회

각 위원의 위원장은 이사회에서 선출하며 임기는 2년으로한다.

각 해당위원은 이사회에서 선출하며 위원수는 약간 명씩으로 한다.

각 위원회의 임무는 다음과 같다.
1. 연구위원회는 농어촌선교의 효과적인 수행을 위해서 연구, 기획 업무를 담당한다.
2. 에큐메니칼농업개발이원회는 아시아 지역 농업개발 및 선교를 담당한다.
3. 생명농업위원회는 생명농업을 통한 선교를 담당한다.