최고 의결기관으로서 각 노회 농어촌목회자 협의회가 추천한 2인과 지역 농어촌목회자 협의회 임원, 총회에서 추천한 대의원으로 구성되며 다음 사항을 의결한다.
1. 회장 1인, 부회장 4인, 서기, 회계의 선출
2. 사무국장, 정책실장, 각 분과장의 임명
3. 정관의 제정과 개정
4. 사업계획 및 예결산 심의 및 확정

상임의결기구로서 다음 사항을 의결한다.
1. 총회가 위임한 사항
2. 제 규정의 제정과 개정
3. 본 회의 제반 활동에 대한 심의 및 의결
4. 타 단체와 연대 시 심의 및 파송 대표자의 선정
5. 사무국의 구성
6. 사무국장, 정책실장, 각 분과장의 추천

본회의 임원은 회장 1인, 부회장 4인(지역별 1인), 서기 1인, 회계 1인, 사무국장 1인, 정책실장 1인, 각 분과장, 중앙위원으로 구성되며 회장, 부회장, 서기, 회계의 임기는 1년으로 하고, 사무국장, 정책실장, 각 분과장의 임기는 3년으로 한다. 단, 중앙위원은 4개 지역 농목협 회장이 당연직 중앙위원이 된다.

임원의 임무는 아래와 같다.
1. 회 장 : 본 회를 대표하며 본 회의 제반업무를 총괄한다.
2. 부 회 장 : 회장을 보좌한다.
3. 사무국장 : 사무국 업무를 총괄하며 사무국 회의를 주재한다.
4. 정책실장 : 정책실 업무를 총괄하며 정책협의회와 정책토론 등을 주재한다.
5. 서기 : 서무업무 일체를 담당한다.
6. 회계 : 회계업무 일체를 담당한다.
7. 중앙위원 : 지역농목협을 대표하며, 총농목협과 지역농목협 간의 소통을 담당한다.

실무 집행기구로서 사무국장이 관장하고 아래와 같이 부서를 둘 수 있다.
1. 홍보분과: 소식지와 카페를 통해 회원들에게 각종 사업 및 정책에 대한 정보를 제공하며 각종 매체를 통해 농어촌선교 홍보 업무를 담당한다.
2. 생명농업분과 : 회원 상호간의 농산물 협동 사업과 개발에 대한 업무를 담당하고 생명 중심의 생산과 소비 활성화를 위해 도농교회 상생의 선교 전략 구축을 담당한다.
3. 목회영성분과 : 농촌 현장에 맞는 목회와 예배 형태 개발과 회원들의 영성훈련을 위한 프로그램 연구와 훈련을 담당한다.
4. 복지문화분과 : 농어촌지역사회 복지선교, 다문화선교 등 문화선교프로그램 개발과 교환 및 회원들의 교육을 담당한다.
5. 해외협력분과 : 세계화 시대에 해외농촌교회와 교류 및 협력으로 상호 ㄱ제와 연대의 틀을 넓히는 역할을 담당한다.

본회를 위한 제반 정책의 연구와 정책에 필요한 대안을 제시하여 본회의 방향성을 일관성 있게 유지해 나가도록 돕는 역할을 한다. 정책실의 효율성과 과제를 위해 약간의 연구위원을 둘 수 있다.

1. 본회의 목적을 효율적으로 수행하기 위해 지역 농어촌목회자협의회를 구성하며 대의원 총회에 참석하는 임원(회장, 부회장, 총무, 부총무, 서기, 부서기, 회계, 부회계 각 1인)은 대의원이 된다.
2. 노회 농어촌목회자협의회는 총회 농어촌목회자 협의회에 대의원 2인을 파송한다. 대의원은 해당지역 조직의 의사를 총회 농어촌목회자협의회에 반영하고, 결정사항을 해당 노회 농어촌목회자협의회에 보고할 책임이 있다.