본 센터의 이사회는 다음 각 호의 인사로 구성한다.
1. 농촌선교에 대한 열정을 가지고 적극적으로 협력할 목사와 장로
2. 총회 농어촌선교부 부장, 총무
3. 총회 서부지역 농어촌선교센터 원장
4. 이사는 이사회에서 정한 정기 이사회비 또는 특별 후원금을 납부할 때 자격이 유지된다. 

1. 이사회는 이사장, 부이사장 1인을 선출하고, 임기는 2년으로 하고, 연임할 수 있다.
2. 이사장은 이사회를 대표하여 이사회를 총괄하며, 사업 및 예결산을 총회농어촌선교부에 보고한다.
3. 부이사장은 이사장을 보좌하고 이사장 유고시 대행한다.
4. 서기이사는 이사회의 회의록을 작성하고 보존하여야 한다.
5. 회계이사는 이사회의 재정출납을 담당한다. 

본 센터를 운영하기 위하여 운영위원과 후원회를 둘 수 있으며, 그 자격은 이사회에서 결정한다. 

1. 총회 서부지역 농어촌선교센터의 효율적 운영을 위해 실무자로서 원장을 둔다. 원장은 시설 유지 및 관리 그리고 이사회가 의결한 사업을 운영 추진하는 전반적인 역할을 한다.
2. 원장은 이사회에서 선출하여 총회농어촌선교부 실행위원회에서 인준한다. 임기는 4년으로 하며 연임할 수 있고 임기 시작은 인준된 날로부터 시작된다.
3. 원장은 농어촌선교, 생명선교가 효율적으로 이루어지도록 서부지역 농어촌선교센터를 운영하는 역할을 한다. 

1. 감사는 2명을 둔다.
2. 감사는 본회의 재산과 운영과 업무에 관한 사항을 년 1회 이상 감사한다.