1) 만사운동(1992)과 300만성도운동(2008)
1992년 9월 24~30일 동안 명성교회에서 개최된 제77회 총회는 “총회창립100주년 교세배가운동계획”(1만 교회, 400만 신도운동)을 채택하고, 전국 교회들이 연간 예산의 1%를 이 사업에 투자하기로 결의했고 2008년 제93회 총회에서는 만사운동을 예장300만성도운동으로 발전적으로 전환하기로 결의했다. 그리고 제94회 총회는 운동의 취지와 목표에 대해 “이 운동은 총회가 추진하고 있는 만사운동, 생명살리기운동, 총회창립100주년기념사업 등의 정책을 계승 또는 그 일환으로 추진되는 것으로, 2007년 12월 31일 현재 2,686,812명의 교세를 2010년까지 300만 명으로 성장시키려는 것”임을 천명했다. 2010년 1월 25일 통계위원회는 “2,686,812명(제93회 총회보고)에서 시작한 예장300만성도운동이 2010년 7월 12일 제93회 총회가 정한 전도 목표310,720명보다 110% 초과 달성한 3,028,646명이 되었습니다.”라고 예장300만성도운동의 성과를 보고했다.
2) 기구개혁(2001)
기구개혁을 위해서는 1995년 제80회 총회에서 ‘21세기 교단발전을 위한 정책개발위원회’가 설치되고 “총회 기구개혁안”은 총회와 노회의 역할 구분에 대해 강조하면서 “지방화시대를 맞이하여 노회의 기능을 활성화하고 사업 수행능력 강화를 위하여 총회와 노회의 역할을 구분”해야 할 필요성이 있으며, “총회와 노회의 역할 구분의 대명제는 총회는 정책 결정기관, 노회는 총회가 결정한 정책 집행기관”이라고 구분했다. 21세기로 접어들면서 기구개혁도 본격화된다. 2000년 9월 25일 제85회 총회에서 총회 총무를 사무총장으로 승격한 것을 시작으로, 2001년 9월 17일 제86회 총회에서는 다음의 기구개혁 3년 계획안을 결의했고 마침내 2003년 9월 23일 제88회 총회에서 기구개혁안이 채택되어 총회본부가 4개사업부와 행정지원본부, 훈련원으로 개편되었고, 2008년 장로 부총회장 제도가 신설되었다.
3) 총회 산하 / 유관 기관
총회산하기관으로는 총회유지재단(한국 교회백주년기념관 및 총회의 재산 소유, 보존, 관리), 총회연금재단(목회자들의 노후 생활 보장을 위한 연금사업 관장), 한국장로교출판사(출판 업무와 문서선교사업 관장), 한국기독공보사(교단지), 실로암시각장애인복지회(시각장애인을 위한 복지사업으로 복리 증진), 한국장로교복지재단(복지사업을 관장하는 사회복지법인), 총회문화법인(문화선교사역 지원), 해양의료선교회(남서해안 섬지역 순회 의료선교 관장)가 있다.
총회산하자치단체로는 남선교회전국연합회, 여전도회전국연합회, 그리고 청년회전국연합회가 있으며, 총회직영 신학대학교로는 대전신학대학교, 부산장신대학교, 서울장신대학교, 영남신학대학교, 장로회신학대학교, 한일장신대학교, 호남신학대학교가 있다.
총회 유관 대학 및 병원으로는, 계명대학교, 계명문화대학, 광주보건전문대학, 기전대학, 서울여자대학교, 서해대학, 선린대학, 숭실대학교, 연세대학교, 예수대학교, 한남대학교, 그리고 광주기독병원, 동산의료원, 실로암안과병원, 안성성소병원, 일신기독병원, 전주예수병원, 한동대학교 선린병원 등이 있다.
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