총회 본부의 기획 및 장기 정책, 국내 에큐메니칼 업무, 국외 에큐메니칼 기관 관계 업무, 언론 홍보 업무 등을 담당한다.

국내 지역 교회의 부흥과 성장을 위한 전도 및 교회 개척과 문화선교, 군선교와 관련된 업무, 경찰‧교정․소방선교와 병원선교에 관련된 업무, 교회 자립과 관련된 업무, 목회 지원 사역 업무 등을 담당한다.

외국인 선교와 해외 동포 선교 업무, 해외 한인교회 목회 지원 업무, 선교사의 선발, 교육, 파송 및 관리와 관련된 업무, 총회 파송 선교사와 관련된 해외 협력교회와의 에큐메니칼 관계 업무, 해외 재해 지원 업무, 이주민(외국인 근로자 포함) 선교 등의 다문화선교에 관련된 업무 등을 담당한다.

기독교교육, 교회학교 교육, 학교 교육 정책 연구와 각종 교재의 개발, 청소년 신앙 지도 등의 업무, 총회가 위임하는 제반 교육, 훈련 업무, 교육, 훈련 종합 네트워크 구성, 총회 차원의 교육, 훈련 업무 실무 지원, 신학 교육과 신학교에 관련된 업무, 목사 자격 고시 관장 업무, 남선교회와 여전도회의 지도 및 협력에 관한 업무 등을 담당한다.

사회문제 대책, 인권 및 정의사회 구현, 환경 보전, 사회봉사 및 복지 사업, 사회봉사 훈련, 교회의 대사회적 봉사 수행, 기타 국내외 재난 구호, 북한 선교와 북한교회 복구 및 평화통일에 관한 제반 업무, 북한농업개발사업 업무, 농어촌교회 진흥을 위한 제반 업무를 담당한다.

교리, 정치, 권징, 예배와 예식에 관련된 업무, 총회 및 산하 각 부, 위원회, 기관의 제 법규(규칙, 조례, 내규, 정관 기타)에 관련된 업무, 권징 사건에 관련된 업무, 헌법에 관한 업무, 이단‧사이비에 대한 제반 대책과 연구를 통하여 복음 수호와 총회 산하 교인들의 보호에 관한 업무, 통계 관련 업무, 각 부원, 위원, 각 기관 대표 및 이사 공천 관련 업무, 선거 관리 관련 업무, 총회본부의 제반 사무행정, 인사, 총회 준비 및 진행, 사료 보존, 정보통신과 관련된 업무, 예산, 재정 정책 실무에 관련된 업무, 각종 보험 연금 업무, 비품관리 업무 등을 담당한다.