가. 북한 교인들의 월남, 남한에서 북한 교회 재건
한국전쟁 기간에, 특히 ‘1·4 후퇴’ 기간에, 북한의 교인들이 대거 남한으로 왔다. 월남 피난민들이 사방에서 부산으로 몰려들었다. 피난민들은 한 교회에 대략 50~60명씩 다세대(多世帶)로 들어가 군거(群居)했다. 계속 부산으로 쏟아져 들어오는 피난민을 더 이상 수용할 수 없게 되자, 정부는 새로운 피난 도시를 물색했고 미국 북장로회 선교부는 본국(미국) 해군과 교섭해서 교역자 가족부터 제주도와 거제도, 가덕도 등으로 분산 수용했다.
1951년 6월 10일 평양에서 피난 온 교역자(김윤찬, 김세진, 임종호)와 교인들이 부산 보수동에 ‘평양교회’를 창립했다. 1952년에 부산에는 월남 피난민 교회가 여기저기에서 설립되었다.
이북신도대표회가 1951년 9월 부산 영락교회에서 임시총회를 소집했다. 이 자리에서 북한의 교회재흥운동을 다시 시작하기로 결의되었다. 피난민 교인들이 남한 전 지역에 흩어져 있었기에 이들을 찾아 방문하며 그들을 위로하고 신앙을 굳게 하는 것이었다. 위로방문단 일행은 11월 9일 부산을 떠나 제주도, 대구, 서울 영등포, 인천, 수원, 천안, 온양, 조치원, 청주, 대전, 이리, 군산, 광주, 순천, 여수, 부산으로 돌아오는 45일의 일정(12월 15일까지)을 밟았다.
나. 교회의 사회봉사
1946년 12월에 개최된 제48회 경남노회 정기노회가 ‘신사참배는 강제에 못 이겨 어쩔 수 없이 저지른 것이기에’ 참여자들에게 더 이상 죄와 잘못을 묻지 않을 것과 고려신학교 승인취소를 결의했다. 이 결의에 반발한 한상동이 노회를 탈퇴했고 지역의 많은 교회들도 노회의 결의에 항의하는 소동이 잇달았다. 1948년의 총회(제34회)가 처음으로 고려신학교의 문제를 다루며 인정하지 않는다는 입장을 공식 천명하자 경남노회는 이 결의를 근거로 두 번째 고려신학교 승인 취소를 결의했다. 이 결의로 말미암아 경남노회는 첫째는 교회 재건을 위해 신앙쇄신을 주장하는 ‘고려신학교파’(경남법통노회), 둘째는 고려신학교 승인을 반대하고 신사참배 전력이 있는 ‘교권파’, 셋째는 ‘중도파’의 3개 분파로 나눠졌다. 그러나 교권파의 중심역할을 하던 김길창은 별도의 새로운 경남노회를 조직했고 총회는 이들을 합법적인 노회로 인정했다.
1947년 봄, 총회 직영신학교인 조선신학교의 신학교육 이념에 반발하는 사건이 일어났다. 재학생 51명이 조선신학교의 “근대주의 신학사상 소개와 성경의 고등비평을 배척한다.”는 요지로 6쪽 분량의 진정서를 총회에 제출했는데 주로 교수 김재준을 겨냥하고 있었다. 총회가 이 진정서를 받아들여서 심사위원회를 구성했다.
심사위원회는 학교 이사진과 교수진의 퇴진을 총회에 건의하고, 이 안이 부결되면 평양 장로회신학교의 전통을 잇는 새로운 신학교를 설립하자고 결의했다. 한 달 뒤에 열린 제34회 총회(1948. 4. 20.)에서 이 안이 부결되고 새로운 신학교가 ‘장로회 정통신학교’라는 이름으로 서울 남산(南山)에서 시작됐고 고려신학교의 승인은 이뤄지지 않았다. 10월 14일 고려신학교의 교장으로 취임한 박형룡은 총회의 승인이 이뤄지지 않자 4월 말에 교장직을 사퇴하고 새로운 신학교의 초대 교장으로 취임했고 50여 명의 학생들이 그를 따라 서울로 왔다. 제35회 총회(1949)는 신설된 장로회신학교(교장 박형룡)의 총회 직영 결의와 함께 조선신학교와 합동안을 통과시켰다.
다. 군목제도의 신설
한국전쟁이 터지자 전쟁터에서 부상당한 병사를 위로하고 그들을 신앙으로 무장시키는 일이 시급한 과제였다. 이때 미군 제33사단 제10공병대대에 카투사로 참전했던 한 한국인 사병이 이승만 대통령에게 한 통의 진정서를 보냈다. “성직자가 군에 들어와 전투에 임하는 장병들의 가슴에 신앙의 철판으로 무장시키고 기도로 죽음의 두려움을 없게 하여 주옵소서.”라는 편지글이었다(「육군군종사」 육군본부, 1975). 이 편지글이 계기로 작용하여서 군종제도의 설립에 가속도가 붙었다.
1950년 12월 21일 대통령 비서실 지시 국방신 제29호로 군종목사 제도가 한국군 안에 실시되기에 이르렀다. 군종요원을 확보하기 위하여 종군목사 및 신부들을 모집했다. 제1차로 1951년 2월 28일 32명의 목사와 신부가 무보수 촉탁으로 일하게 됐다. 3월 12일에 8명이 추가 모집됐다. 교파별로 보면 장로교회, 감리교회, 성결교회, 천주교가 모집됐다.
목사안수를 받은 군목은 정식 군목이라 하여 모자에 백색 십자가를, 신학교만 졸업하고 목사 안수를 받지 못한 군목은 보조 군목이라 하여 모자에 청색 십자가를 붙이게 했다.
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