제28조 (총회본부)
1. 본회는 제반 행정과 사업의 집행기구로 총회 본부를 둔다.
2. 총회 본부에는 사무총장 1인을 두고 산하에 총무 5인, 각 처에 직원 약간 명을 둔다.
제29조 (사무총장의 직무)
사무총장의 직무는 다음과 같다.
1. 사무총장은 총회의 헌법, 규칙, 제 규정 및 총회 결의의 범위 안에서 총회장의 지시와 총회 임원회의 결의에 따라 총회 본부의 제반 사무와 국내외 교회연합사업 등 제반 업무를 관장하며 소속직원을 지휘 감독한다.
2. 총회 임원회, 각 부, 위원회의 언권회원이 된다.
3. 총무 회의를 두되, 사무총장이 의장이 되며, 총무회의는 각 부 사업을 사전 또는 사후에 협의, 조정할 수 있다.
제30조 (사무총장 선임)
사무총장은 총회 임원회의 결의로 총회장이 총회의 인준을 얻어서 임명한다. 단, 총회 폐회 후 결원이 될 때에는 총회 임원회의 결의로 사무총장 서리를 총회 서기로 대행케 할 수 있다.
제31조 (사무총장 임기 및 정년)
1. 사무총장의 임기는 4년으로 연임할 수 있다.
2. 그 정년은 65세로 한다.
3. 사무총장 서리나 총회 서기가 대행한 사무총장의 임기는 다음 총회까지로 한다.
제32조 (총회 본부 임무)
총회 본부 직속업무 및 각 처의 임무는 다음과 같다.
1. 총회장과 사무총장 직속
1) 총회 및 산하기관의 행정 및 재정 감사 업무는 총회장 직속
2) 기획 및 장기정책, 국내 에큐메니칼 업무, 국외 에큐메니칼 기관 관계 업무, 언론홍보 업무 및 관련된 특별위원회 실무 지원 업무는 사무총장 직속
2. 국내와 군·특수선교처
1) 국내 지역교회의 부흥과 성장을 위한 전도 및 교회개척과 문화선교
2) 군선교와 관련된 업무
3) 경찰·교정·소방선교와 병원선교에 관련된 업무
4) 교회자립과 관련된 업무(자립대상교회 대책및동반성장위원회지원업무)
5) 목회지원사역 업무
3. 해외·다문화선교처
1) 외국인 선교와 해외동포 선교 업무, 해외 한인교회 목회 지원 업무, 선교사의 선발, 교육, 파송 및 관리와 관련된 업무, 총회 파송 선교사와 관련된 해외협력교회와의 에큐메니칼 관계 업무, 해외 재해 지원 업무(농어촌, 사회처와 공동으로)
2) 이주민(외국인근로자포함)선교 등의 다문화선교에 관련된 업무
4. 교육·훈련처
1) 기독교교육, 교회학교교육, 학교교육 정책 연구와 각종 교재의 개발, 청소년 신앙 지도 등의 업무
2) 총회가 위임하는 제반 교육, 훈련 업무, 교육, 훈련 종합 네트워크 구성, 총회 차원의 교육, 훈련 업무 실무 지원(해당 처와 긴밀히 협력하여 운영)
3) 신학교육과 신학교에 관련된 업무
4) 목사자격고시 관장 업무
5) 남선교회와 여전도회의 지도 및 협력에 관한 업무
5. 도농·사회처
1) 사회문제대책, 인권및정의사회구현, 환경보전, 사회봉사 및 복지사업, 사회봉사훈련, 교회의 대사회적 봉사수행, 기타 국내외 재난구호(해외재난 구호업무는 해외특수선교처와 공동으로)
2) 북한선교와 북한교회 복구 및 평화통일에 관한 제반 업무, 북한농업개발사업 업무
3) 농어촌교회 진흥을 위한 제반업무
6. 행정·재무처
1) 교리, 정치, 권징, 예배와 예식에 관련된 업무
2) 총회 및 산하 각 부, 위원회, 기관의 제 법규(규칙, 조례, 내규, 정관 기타)에 관련된 업무
3) 권징 사건에 관련된 업무
4) 헌법에 관한 업무
5) 이단‧사이비에 대한 제반 대책과 연구를 통하여 복음수호와 총회산하 교인들의 보호에 관한 업무
6) 통계 관련 업무
7) 각 부원, 위원, 각 기관대표 및 이사 공천 관련 업무
8) 선거관리 관련 업무
9) 총회본부의 제반 사무행정, 인사, 총회 준비 및 진행, 사료보존, 상임부‧위원회 및 일부 특별위원회 실무 지원
10) 정보통신과 관련된 업무 및 관련 특별위원회 실무 지원
11) 예산, 재정 정책 실무에 관련된 업무
12) 재정, 회계, 통계, 직원의 각종 보험 연금 업무, 비품관리 업무 및 재정 관련한 특별위원회 실무 지원
7. 한국교회100주년기념관 운영은 총회유지재단이 하고, 사무총장의 지도하에 동 기념관을 관리한다.
제33조 (총회 인사위원회)
총회는 인사위원회를 2개로 구성한다.
1. 제1인사위원회는 별정직 직원에 관한 인사사항을 심의한다. 단, 사무총장의 선임은 제 29조에 따른다.
2. 제2인사위원회는 별정직 외 직원 인선, 임면 및 인사에 대한 평가하고, 인사 정책 개발, 직원 인력 개발 등의 인사 관련 사항을 연구한다.
3. 별정직원이라 함은 사무총장, 각 총무를 지칭한다.
제34조 (인사위원회 구성)
1. 제1인사위원회:위원장은 직전 총회장으로 하고, 위원회의 위원은 목사부총회장, 장로부총회장, 총회 서기, 총회 각 상임부장 및 위원장, 사무총장으로 구성한다. 단, 감사위원장, 재판국장은 제외한다.
2. 제2인사위원회 : 위원장은 목사 부총회장으로 하고 위원회의 위원은 총회 서기, 회록서기, 회계, 재정부장, 사무총장, 각 처 총무로 구성한다.
제35조 (별정직 선임과 임기)
1. 별정직원선임
1) 각 총무는 제1인사위원회에서 선임한다.
2) 공개채용을 원칙으로 한다.
3) 직전총회장, 부총회장(목사, 장로), 총회서기, 사무총장으로 소위원회를 구성하여 1차 심사후 사무총장의 추천서를 첨부하여 제1인사위원회에 추천한다. 단 초임은 복수로 추천한다.
4) 재적 과반수 출석에 무기명투표에 의한 과반수 찬성으로 선임하고 총회임원회가 인준하여 사무총장의 제청으로 총회장이 임명하고 차기 총회에 보고한다.
5) 별정직원의 임기는 4년으로 하며 연임할 수 있다. 정년은 만 65세로 한다. 단, 임기 4년 만료 전에 정년 65세가 도래하는 자는 최초 선임 및 연임 청원을 할 수 없다.
6) 동성애자 또는 동성애를 옹호하는 자는 직원으로 선임할 수 없다.
7) 총회본부, 산하기관 등의 별정직(사장, 총무 등) 채용에 응모하는 해 기관 직원은 동일기관 별정직 응모 시에는 그 직임을 사직하여야 한다.
제36조 (별정직원의 치리회의 임원직)
총회의 사무총장과 각 처 총무가 각급 치리회(당회, 노회, 총회)의 임원직을 맡을 때에는 총회 임원회의 허락을 받아야 한다.
제37조 (별정직 징계)
총회의 사무총장 및 각 처 총무에 대한 징계는 총회장의 요청으로 특별징계위원회에 회부하여 징계하게 한다. 특별징계위원회 구성은 부총회장, 서기, 회록서기, 회계, 정치부장, 규칙부장, 헌법위원장으로 하고, 그 징계절차는 별도로 정한다.
제38조 (직원 임면)
총회 본부 각 부에 다음의 직원을 두되 임용절차, 정원 등은 별도로 정한다. 단, 실장과 과장은 사무총장의 재청으로 총회 임원회의 결의에 의하여 총회장이 임면한다.
1. 실장 2. 과장 3. 대리 4. 직원 5. 계약직원 6. 인턴직원
제39조 (총회 직원 직제 및 근무규정과 상벌규정)
그 외 총회 본부 직원 직제, 정원, 임용절차, 근무, 상벌 등은 총회 직원 직제 및 근무규정과 상벌규정으로 정한다.