본 연구소의 임원은 다음과 같다.
1. 본회 이사 : 11인
2. 감사 : 2인
3. 이사장 : 1인
4. 부이사장 : 1인
5. 서기이사 : 1인
6. 회계이사 : 1인
7. 후원이사 : 약간 명

임원의 임기는 다음과 같다.
1. 이사 : 4년
2. 감사 : 2년
   보선에 의하여 취임하는 임원의 임기는 잔임 기간으로 한다.

1. 이사장은 이사회의 호선으로 취임한다.
2. 부이사장과 임원은 이사회의 호선으로 취임한다.
3. 이사장과 임원의 임기는 이사로 2년으로 하며, 연임할 수 있다.

1. 이사장은 연구소를 대표하고 연구소의 업무를 총괄한다.
2. 이사는 이사회에 출석하여 연구소의 업무에 관한 사항을 심의 결정하며, 임원(부이사장, 서기이사, 회계이사)는 이사회 또는 이사장으로부터 위임받은 사항을 처리한다.

1. 이사장이 유고시에는 서기 이사가 이사장의 직무를 대행한다.
2. 제1항의 규정에 의하여 이사장 직무대행 이사는 지체 없이 이사장 선출의 절차를 밟아야 한다.

감사는 다음과 같은 직무를 수행한다.
1. 연구소의 재산상황과 회계를 감사하는 일
2. 이사회 운영과 그 직무에 관한 사항을 감사하는 일
3. 제1항 및 제2항의 감사결과 부정 또는 불미한 점이 있음을 발견한 때 이를 이사회에 보고하는 일
4. 제3항의 보고를 하기 위하여 필요한 때에는 이사회의 소집을 요구하는 일
5. 연구소의 재산상황과 회계 또는 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항에 대하여 이사장 또는 이사에게 의견을 진술하는 일

1. 이사는 11인
2. 이사의 임기는 4년으로 하고 연임할 수 있다.
3. 이사는 이사장의 추천으로 이사회에서 선임한다.
4. 11인의 이사 중 연구소 소장은 당연직 이사가 된다.
5. 감사는 2인으로 이사장의 추천으로 이사회에서 선임한다.

1. 소장은 본 연구소를 대표하고 연구소 사업 전반을 통할한다.
2. 소장은 북한 전문 신학자로서 공개 채용을 통해서 임명하고, 임기는 4년으로 한다.
3. 소장은 이사회의 결의로 이사장이 임명 또는 위촉한다.
4. 연구소장의 자격은 신학박사 학위를 가진 자로서 북한관련 연구실적 500%이상(학위 논문 포함)된 자로 임명한다.
5. 소장은 이사장의 지시를 받아 본 연구소의 업무를 처리한다.