이사회를 아래와 같이 구성한다.
1. 이사장 1인
2. 부이사장 약간명
3. 서기이사 1인
4. 이사(전문위원장, 지역위원장)
5. 실행이사 약간 명
6. 운영이사 약간 명
7. 감사 2인
8. 소장

이사회의 임무는 아래와 같다.
1. 이사장: 본 연구소를 대표하고, 모든 회무를 총괄한다.
2. 부이사장: 이사장을 보좌하며 이사장 유고시 연장자 순으로 그 직무를 대행한다.
3. 서기이사: 회의기록 및 문서를 관장하며 지역위원회와 협력을 도모한다.
4. 실행이사: 지역임원으로 구성하고 연구소 사업에 관해 협의한다.
5. 운영이사: 연구소 운영에 필요한 후원을 한다.
6. 전문위원회 위원장: 각 전문위원회 사업을 관장하고 활성화한다.
7. 지역위원장: 당연직 이사가 되며 지역위원회를 총괄한다.

이사의 임기는 3년으로 하되 연임할 수 있으며 보선된 임원의 임기는 전임자의 잔여임기로 한다.

감사는 사업과 재정을 감사하여 이사회에 보고한다.

이사회 임원을 아래와 같이 둔다.
1. 이사장
2. 부이사장
3. 서기이사
4. 소장

전문위원회와 지역위원회를 아래와 같이 둘 수 있다.
1. 전문위원회
   1) 목회와 리더십
   2) 영성과 공동체
   3) 예배와 설교
   4) 전도와 양육
   5) 미디어와 문화
2. 지역위원회 : 지역의 상황에 따라 증설할 수 있다.

아래의 직원을 둘 수 있다.
1. 소장: 연구소의 실무를 총괄한다.
2. 전문위원회와 인터넷 디자인 담당 연구원
3. 행정간사

 약간 명의 고문과 자문위원을 추대할 수 있다.