본회는 다음 같은 임원을 둔다.
1. 회장 1인
2. 수석부회장 1인, 부회장 약간 명
3. 총무 1인
4. 부총무 1인
5. 협동총무 약간 명
6. 서기 1인
7. 부서기 1인
8. 회계 1인
9. 부회계 1인
10. 감사 2인
11. 분과위원장

본회의 운영 및 후원활동을 위하여 고문, 자문위원 및 전문위원을 둘 수 있다.

1. 회장 : 본 후원회를 대표하고 본 후원회의 업무를 총괄하며 총회의 의장이 된다.
2. 수석부회장 : 회장을 보좌하며 회장 유고시 그 직무를 대행한다. 단, 대행 순서는 연장자 순으로 한다.
3. 부회장 : 선임부회장 유고 시 그 직무를 대행한다.
4. 총무 : 본회의 회무를 총괄한다.
5. 부총무 : 총무 유고시 그 직무를 대행한다.
6. 협동총무 : 총무를 보좌한다.
7. 서기 : 회의록 작성, 문서수발에 관한 업무를 관장한다.
8. 부서기 : 서기를 보좌하며 서기 유고시 그 직무를 대행한다.
9. 회계 : 본회 재정에 관한 업무를 관장한다.
10. 부회계 : 회계를 보좌하며 회계 유고시 그 직무를 대행한다.
11. 감사 : 본회의 사업 및 재정을 감사한다.
12. 분과위원장 : 각 선교분과위원회 사업을 주관한다.

본회 임원의 임기는 2년으로 하되 연임할 수 있으며, 보선된 임원의 임기는 전임자의 잔여 임기로 한다.

1. 스포츠선교 사역의 효율적 달성을 위해 다음의 분과를 두며, 각 분과별로 위원장과 총무를 둘 수 있다.
   1) 축구선교분과위원회
   2) 족구선교분과위원회
   3) 탁구선교분과위원회
   4) 테니스선교분과위원회
   5) 배드민턴선교분과위원회
   6) 자전거선교분과위원회
2. 필요시 총회의 결의로 분과위원회를 증감할 수 있다.

1. 본회의 사무를 처리하기 위하여 사무국을 둘 수 있다.
2. 사무국에 사무국장 및 필요한 직원을 둘 수 있다.

 각 지역과 노회에 스포츠선교후원회를 조직할 수 있다.