총회훈련원은 교단산하 목회자들의 계속교육을 통하여 목회 역량을 강화하고, 변화하는 시대에 걸맞은 선교적 사명을 고취시키고자 지역의 목회자들과 신학대학교와 협력하여 실시하고 있습니다. 첫째, 목사장로계속교육 실시입니다. 제98-99회기 동안 목사계속교육의 커리큘럼과 운영규칙을 완료한 후 총5개권역별로 훈련원을 구성하여 임원단을 조직하고 훈련을 단계적으로 실시 중에 있습니다. 그 결과 제99회기 동안 장로계속교육을 위해 커리큘럼 및 운영규칙 연구를 완료하고 홍보와 동시에 훈련과정을 계획하여 실시하고 있습니다. 둘째, 총회훈련원후원이사회를 조직하였으며, 후원이사회에서는 목사계소교육심화세미나를 계획하여 다양한 목회자 계속교육 심화과정세미나를 실시하고 있습니다.

현장개발활성화사업을 위하여 부교역자훈련, 여교역자와 전도사 계속교육을 지속적으로 실시하고 있습니다. 부교역자의 계속교육은 총회 신학교육부와 연계하여 각 노회에서 파송된 강사교육을 실시한 후 각 노회훈련원에서 실시토록 하고 있습니다. 제99회기 동안 ‘피택자계속교육훈련’을 위한 교재를 연구하였으며, 100회기 피택자계속교육 강사교육을 준비하고 있습니다.

총회전문대학은 그 목적에 따라 목회자와 신학생들을 각 선교분야의 인력개발을 위하여, 노회와 신학대학교 등과 협력하여 전문적이고 실제적인 인재개발훈련을 진행하고 있습니다. 지역 에큐메니칼 활성화를 위하여 5개 신학대학교(장로회신학대학교, 호남신학대, 영남신학대, 부산장신대, 대전신학대)와 한 학기 훈련을 실시하였으며, 협력하여 공동사업을 진행하고 있습니다. 총회훈련원은 각 주무부서 간의 협의를 통해 세계선교대학(기본과정, 총회전문인선교사훈련), 행정대학(부교역자, 전임전도사), 도농사회선교대학(사회봉사지도자과정, 신학생사회선교훈련), 남북한선교통일대학 등의 훈련과정을 실시하고 지속적으로 보완해 나가고 있으며, 동시에 한국선교교육재단과 협약을 맺고 평신도 선교훈련을 펼쳐나가고 있습니다.

대외렵력사업은 해외 협력교단의 목사계속교육훈련원을 개설하고 교육훈련을 격년으로 실시 중에 있습니다.