본회는 다음 부서를 둔다. (선교부, 친교부) 

본회의 부서별 직능은 다음과 같다.
1. 선교부는 대내·외적인 선교활동 및 직･간접적인 지원에 관한 제반 업무를 주관한다.
2. 친교부는 연합회 소속 교회간의 연합 및 친교를 위한 업무와 행사 시 모든 봉사의 업무를 관장한다.