1. 각 부원 및 위원은 공천위원회의 공천보고에 의하여 본회가 선정하며, 임기는 3년으로 하고 매년 3분의 1씩 개선하되 연임할 수 없다.
2. 각 부, 위원회는 부장, 서기, 회계 등의 임원을 두며 임원을 포함하여 9명 이내의 실행 위원을 둘 수 있다.

본회는 직무수행을 위하여 다음의 부서를 둔다.
1. 정치부   2. 교육자원부   3. 세계선교부

1. 정치부 : 선교위원회에서 맡긴 사항 중 정치와 인사에 관한 업무와 지 교회에서 분규가 발생할 시 시찰회의 요청에 따라 이를 조정하며 본 규칙을 포함한 산하 각 부 위원회 기관의 정관 규정 조례 등의 제정 및 개정안을 심의하여 총회(선교위원회)에 보고하며, 제 법규를 해석하고, 당회록을 검사하며, 고시에 관한 업무를 관장 한다.
2. 교육자원부 ; 기독교 교육, 교회학교 교육, 제직 및 회원의 교육 업무를 관장하며 선교현장의 기독교 학교의 임원 파송 및 인준권을 갖는다.
3. 세계선교부 : 선교지 전도사업과 교회진흥 방안을 수립 실천하며 총회파송 선교사 들의 사역을 협력하며, 현지 교단과의 교류 업무를 관장하고, 위원회의 재정 정책 을 수립하고 예산안을 편성하여 위원회에 보고한다. 또한 대사회적 책임 수행과 사회봉사를 통한 선교와 관련된 업무를 담당한다.

본회의 정기위원회와 그 임무는 다음과 같다
1) 시찰위원회 : 시찰별로 목사2인 장로3인의 위원을 두어 각 교회의 형편을 살펴 노회에 보고한다.
2) 선거관리위원회 : 각 시찰 서기로 구성하며 임원선거를 관장한다.

본회는 필요에 따라 특별위원회를 두며 위원은 임원회에서 선임한다.