본회에 다음의 상임위원회를 둔다.
1. 고시위원회(각 노회 1인)
2. 헌법위원회(위원 9인으로 한다.)
3. 감사위원회(위원 9인으로 한다.)
4. 평신도위원회(각 노회 1인)
5. 남북한선교통일위원회(각 노회 1인)
6. 훈련원운영위원회(각 노회 1인)
7. 이단·사이비대책위원회(15인)