1. 조사 대상자가 본 교단 소속인일 경우 다음과 같은 방법으로 조사하여야 한다.
  ① 조사대상자의 주장에 대한 출판된 문서 자료가 제시된 경우 쟁점사항에 대한 조사 대상자의 서면 답변서 작성
  ② 조사대상자의 주장에 대한 특정인의 진술서 및 녹취록이 제시된 경우 현장 방문조사를 통해 관련당사자의 진술을 확인한 후 조사 대상자의 서면 답변서 작성
  ③ 상기 현장 조사에는 전문위원 1인 이상(필요시 상담소장 포함) 배석하여 쟁점 사항 확인
2. 조사 대상자가 공신력 있는 타 교단의 소속 인사일 경우 다음과 같은 방법으로 조사하여야 한다.
  ① 조사대상자의 주장과 관련된 근거자료 보완이 필요할 경우 조사분과에서 현장조사 또는 자료조사
  ② 타교단의 권위를 존중하여 질의서와 관련 자료를 첨부하여 해당 교단 본부에 이첩하여 공식적인 답변을 요청할 수 있음
3. 제1항 및 제2항 이외의 조사대상자인 경우 현장 조사나 답변서 작성이 어려울 때 현장 피해 사례를 조사하고, 충분한 문서 자료나 녹취자료를 확보하여 연구보고서를 작성할 수 있다.
4. 이단•사이비 옹호 언론 기관(발행인)에 대한 조사는  본 교단에서 이단•사이비로 규정한 개인의 글이나 인터뷰를 싣거나 해당 집단의 집회나 활동을 홍보 또는 광고하여 이단 사이비 옹호 언론기관(발행인)으로 조사 요청이 있거나 조사의 필요성이 있다고 본 위원회가 결의할 경우 조사분과에서 해당기사 등을 취합하여 조사보고서를 작성한다.
5. 조사분과의 조사보고서와 관련 자료에 근거하여 본 위원회에서 해당 언론기관(발행인)의 이단 사이비 옹호 여부를 결정한다.